Zotero: zarządzanie bibliografią naukową.

2021/02/07

_images/zotero.png

Zrzut ekranu z Zotero w pierwszym oknie, z otwartą stroną Research Gate w firefox pod spodem. Kliknięcie na ikonę w prawym górnym rogu przeglądarki spowoduje dodanie opisu wyświeltonej pracy do Zotero (włącznie z dodaniem PDF samej pracy oraz jego zindeksowaniem, jeśli PDF jest dostępny). Rysunek mozna powiększyć poprzez kliknięcie nań.


Zotero to komputerowy program do zarządzanie bibliografią naukową (Reference Management Software).

Z Wikipedii PL:

Wolny i otwarty program komputerowy służący do zarządzania bibliografią i przypisami bibliograficznymi oraz do organizacji źródeł podczas pisania prac naukowych. Program pozwala na automatyczne pobieranie danych bibliograficznych oraz pełnych tekstów (jeśli są dostępne) z internetowych katalogów bibliotecznych i dostosowywanie wyglądu przypisów w tekście, integruje się z przeglądarką internetową, a także z edytorami tekstu, m.in. z Microsoft Word, LibreOffice, OpenOffice.org Writer i NeoOffice. Producentem programu jest Centrum Historii i Nowych Mediów George Mason University.

Strona w Wikipedii po angielsku: https://en.wikipedia.org/wiki/Zotero

Istnieje wokół kilkanaście szeroko stosowanych programów tego rodzaju. Ich porównanie znajdziemy tutaj:

https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

Do ciekawszych w moim odczuciu i z powodów mnie interesujących (otwartość, darmowość, praca na różnych platformach, obsługa TeX) należą następujące:

Jedną z głównych zalet Zotero jest to, iż pochodzi ze świata otwartego oprogramowania (a więc coś stabilnego) i nie jest nakierowany na cele komercyjne.

Bardzo dobrym programem jest EndNote, ale cholernie drogim. Mendeley zaś (Elsevier) bardzo niepewny, bo choć bezpłatny, to jednak komercyjny i zasady korzystania z niego zmieniają się.

Zotero: Instalacja i konfiguracja.

Początkowa instalacja opisana jest na stronach: https://www.zotero.org/support/installation

Instalacja polega na wykonaniu następujących kroków:

  • Instalacji wersji binarnej do użytku z lokalnego komputera,

  • Instalacji wtyczek dla przeglądarki (Firefox, Chrome lub inne) ułatwiających współpracę z przeglądarką,

  • Instalacji wtyczek dla Libre Office (w moim przypadku; obsługiwane są i inne programy do redagowania tekstów)

  • Stworzeniu konta (bezpłatnego) na zotero.org pozwalającego na synchronizację danych między różnymi komputerami (np. tym w domu i tym w pracy, a nawet na smartfonie w czasie jazdy autobusem do pracy).

Proces instalacji jest bardzo prosty. Warto jednak pomóc sobie licznymi opisami dostępnymi w internecie (także po polsku) albo filmami. Szczególnie polecałbym np.:

Emanuel Kulczycki, Jak zainstalować i skonfigurować Zotero? https://www.youtube.com/watch?v=9xeS6nifq6A

Film jest jeszcze z roku 2013, ale informacje w nim podane są jak najbardziej poprawne (swą drogą, warto obejrzeć więcej filmów tegoż autora o tematyce mogącej wielu tutaj zainteresować).

Kilka innych przykładów dokumentacji i wyjaśnień:

Zotero: synchronizacja.

Główny problem z Zotero polega na tym, iż korzystanie z bezpłatnego dostępu do serwerów zotero ograniczone jest jedynie dla objetości danych mniejszej niż 500 MB. To niewiele, jeśli chce się korzystać z synchronizacji plików PDF. W moim przypadku (fizyka) średnia objętość jednej pozycji to około 3MB, a więc 500 MB to zaledwie 160 pozycji. O wiele za mało jak na moje potrzeby. Chciałbym 10 razy więcej pozycji bezpłatnie, a więc 5 GB danych. Za tyle trzeba już płacić niewspółmiernie wiele do korzyści.

Zamiast jednak korzystać z automatycznej synchronizacji w obłoku można po prostu kopiować między komputerami zawartość folderów z danymi. W przypadku Linuksa domyślna nazwa takiego foldera to ~/Zotero/storage/ . Należy też kopiować przy tym plik sql. Zotero musi być zamknięty podczas kopiowania z/do.

Synchronizacja: możliwe rozwiązanie alternatywne

Istnieje i inna możliwość rozwiązania powyższego problemu. Nie dla wszystkich jednak dostępna, bowiem skorzystanie z tej alternatywy wymaga:

  • posiadania dostępu do serweera w internecie z PHP

  • pewnej podstawowej znajomości funkcjonowania serwerów, jezyka PHP, umiejętności komputerowych.

Zotero do przesyłania danych między lokalnym komputerem a serwerem internetowym używa protokołu komunikacji zwanego WebDAV, będącego rozszerzeniem protokołu HTTP. Przeciętny serwer WWW nie jest skonfigurowany do obsługi WebDAV (acz, przeważnie, jest możliwe dodanie takiej usługi przez jego admiistratorów). Otóż istnieje moduł PHP, phpzoterowebdav, napisany specjalnie w celu emulacji protokołu WebDAV, napisany właśnie specjalnie dla Zotero:

http://blog.holz.ca/2011/11/phpzoterowebdav-installation/

Jego instalacja na serwerze jest bardzo prosta dla osoby mającej podstawowe umiejętności w tej materii, pod warunkiem, że ściśle wykonane zostaną czynności opisane w powyższym opisie. Istotne jest między innymi, bardzo zalecane, utworzenie na serwerze pliku .htaccess, jak to jest opisane n.p. tutaj:

http://tools.dynamicdrive.com/password/

W przypadku tego rozwiązania ilość miejsca do dyspozycji dla plików PDF staje się w zasadzie nieograniczona.

Rozwiązanie takie służy mi świetnie przy wykorzystaniu serwera, na którym zamieszczone są niniejsze strony.